Des mécanismes de résistance complexes compliquent une nouvelle approche diagnostique

Les entérobactéries pathogènes se traitent généralement bien par des antibiotiques. On utilise souvent dans ce cas des antibiotiques à large spectre du groupe des céphalosporines. Mais leur efficacité est en recul car de nombreuses entérobactéries, dont Escherichia coli par exemple, ont développé une résistance face à cette substance. Par conséquent, le corps médical prescrit de plus en plus d’antibiotiques de réserve, et ce généralement sans connaissance précise des résistances existantes d’un pathogène car les tests actuels prennent trop de temps pour fournir des résultats clairs. Or, un traitement ne tenant pas compte du profil de résistance d’un pathogène peut compromettre la réussite thérapeutique et favorise à son tour l’apparition de résistances aux antibiotiques.

Relation entre la structure protéique et la résistance aux antibiotiques

C’est pourquoi Dirk Bumann et une équipe de recherche du Biozentrum Bâle ont tenté d’accélérer considérablement le diagnostic avec une nouvelle méthode. Leur but était de déterminer si des bactéries présentaient des résistances aux antibiotiques à partir de leur composition protéique et, le cas échéant, lesquelles. Comme l’analyse de la structure protéique des bactéries est très rapide aujourd’hui, un tel test pourrait fournir des résultats en quelques heures. De plus, il pourrait être facilement intégré aux procédures routinières de diagnostic.

Afin d’identifier la relation entre différentes protéines et certaines résistances, les scientifiques ont analysé et comparé plus d’une centaine de pathogènes Escherichia coli résistants aux antibiotiques à partir d’échantillons prélevés sur des patient·es. Les pathogènes examinés présentaient des réponses différentes à une céphalosporine souvent utilisée. Ces diverses sensibilités auraient dû se refléter dans des compositions protéiques différentes.

Pas de conclusions claires possibles

L’équipe de recherche a découvert que tous les pathogènes présentaient effectivement chacun une composition protéique clairement différente. Un facteur particulièrement important est la quantité d’enzymes composant la bactérie qui détruisent les antibiotiques. Mais cette caractéristique n’est pas suffisante pour prédire à l’inverse si un pathogène est résistant aux antibiotiques et dans quelle mesure. Il s’avère que les résistances importantes sur le plan clinique reposent sur des mécanismes complexes et variés et ne peuvent être déterminées par de simples tests de la quantité protéique.

État : septembre 2022

ESBL-MS: Early diagnosis of ESBL Enteriobacteriaceae in patient samples